ＧＩＭＰは「保存」や「名前を付けて保存」で保存すると基本的にGIMPのオリジナルフォーマットでしか保存できません。
しかし、ちゃんとpngやGifだとかフォトショップのPDFのファイルでも保存する方法もあります。
エクスポート
上部メニューの「ファイル」項目の中の「エクスポート」か「名前を付けてエクスポート」です。
この項目を選択すると、ダイアログが表示されます。
今回はフォトショップのPSDファイルにしてみます。
まずエクスポート形式を決めます。
「エクスポート」ボタンの上にあるリストボックスから「photoshop画像(*.psd)」を選びます。
次に「名前」の所でファイルの名前を決めます。
拡張子はエクスポート形式を変えても変化しませんので注意。
そして場所を指定して「エクスポート」ボタンを押せば完了です。
これがエクスポートされたファイルです。
Photoshop Elementsで開いてみましたがレイヤーもちゃんと存在していて問題なくエクスポートできています。